OBIOS réalise des études en herpétologie, que ce soit à l'échelle des communautés ou de populations : inventaires des Amphibiens et Reptiles, inventaires standardisés par présence-absence, suivi de populations.
Plusieurs inventaires des Amphibiens et Reptiles ont été réalisés sur différents espaces naturels (Natura 2000, Espaces Naturels Sensibles, Pôle nature, sites du Conservatoire des Espaces Naturels de Poitou-Charentes...) dans le cadre d'inventaires de la biodiversité ou d'inventaires herpétologiques : marais de Brouage, île d'Oléron, Forêt de Benon, Boutonne, Aytré, forêt de Suzac, port des Salines, camp militaire de Bussac, lac d'Arlet et partie Béarn du Parc National des Pyrénées (vallées d'Aspe et d'Ossau)...