Les cours d'eau sont d'importants corridors écologiques, qui ont été identifiés comme tels dans les "trames vertes et bleues". Cependant, les zones humides en France sont en grande partie en mauvais état écologique, avec une quantité et une qualité de l'eau insuffisantes. D'après les sources officielles, plus de la moitié des zones humides ont déjà disparues en France et les espèces qui dépendent de ces milieux naturels, comme les Amphibiens, sont de plus en plus menacées.
La loi sur l'eau et les milieux aquatiques est une réglementation qui vise à améliorer cet état écologique. Cependant, l'application d'une nouvelle cartographie des cours d'eau, impulsé par la Fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles, pourrait réduire le périmètre d'application de cette loi. Ainsi, près d'un cours d'eau sur cinq pourrait être déclassé en fossé ou ravine, principalement les ruisseaux situés en amont, qui constituent les têtes de bassin et ont un rôle fondamental pour le fonctionnement des écosystèmes aquatiques.
Ce déclassement autoriserait l'utilisation de produits phyto-sanitaire et la réalisation de travaux sans étude d'impact préalable, le cours d'eau n'étant plus identifiés et donc non soumis à la loi sur l'eau.
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